而在南方刚刚结束了龙蟠之战的赵云也出手了，北线虽然有大军驻扎，不过却只是摆摆样子，防止驻扎在河南的“倒戈将军”冯玉大举南下而已。精锐部队则是兵分两路，第一路由吴佩孚亲自率领，逆江而上，一路向西，到达南昌后，兵分两路，一路继续向西，将原本就是吴佩孚势力的湖南、湖北收入囊中，一路转向南下，将已经被北伐军攻克不少的江西，收复，并建立向广州攻击的前沿工事。
第二路则是由孙传芳率领，直接从浙江出发，向南，进攻福建。福建做为浙江之后，皖系唯一的根据地，整个皖系从上至下，都对这个靠海之地非常重视。
所以把大将徐树铮都给派来坐镇，徐树铮到达福建后，振作精神，一心试图恢复皖系的荣耀。他知人善任，任用一批主战派将领，为抗击孙军（孙传芳军）的前锋，甚至收纳了浙江卢督军余部，打算囤积力量，出兵北伐，等着赵云牵制住了吴佩孚和孙传芳的主力后，突然出击，先收复浙江，再图江南等膏脂之地。
可没想到吴佩孚和孙传芳二人败得如此之快，使得一些布置还没有到位。而此刻福建主要的军事实力还掌握在福建皖系手中，以海军起家的福建皖系对于攻克浙江没啥兴趣，为保存实力而拒绝发兵和供应粮饷，使得徐树铮的北伐终无所成。
此时，在江西战场，由于广东内讧，孙大炮被陈炯明给赶了出去，导致北伐军匆匆放弃江西，退回了广东。而作为孙大炮盟友的皖系自然成了江西军队泄愤的对象，在稍稍安抚内政后，江西督军派兵攻打福建，该路大军从江西南昌经临川、资溪及福建的光泽、邵武、建阳直趋建瓯，虽然没有大动干戈，但大军压境，也使徐树铮四面树敌，忙于应付。
10月，当赵云磨刀霍霍向苏俄下手的时候，孙传芳的主力终于赶到，率军攻福建，徐树铮苦于自己无兵，命以浙江军的余部为主力组建的“返乡军”出仙霞关迎战，以为自己在福建的布防争取时间，但以一群残兵败将抵抗经过赵云重金打造的孙军，结果自然是一战全军覆没。
失去了唯一一支生力军的徐树铮只得亲自从福州抵达延平，准备冒险去广东，向盟友孙大炮滞留在广东和江西边界的北伐军求援，而他的行程为皖系福建派所阻留。
没过多久，早就和直系眉来眼去的福建督军李厚基投降孙传芳，皖系福建派内部分裂，大部坐以待毙，少部南下厦门，继续抵抗。李厚基的投降，使徐树铮的布置门户大开，败局已定。
福建督军李厚基，北洋武备学堂毕业。辛亥革命前曾为直隶总督署卫队管带，可谓是直系出身，直到1916年才投靠皖系。所以李厚基的投降并不偶然，徐树铮也是早就料到，可惜李厚基1913年就带兵入闽，在福建经营了近十年，根深蒂固，可不是他这个才到福建没几天的“光杆司令”可以动摇的。
此时身为督军的李厚基一投降，他手下自然是无心恋战，孙军轻松的越过仙霞岭直入福建，攻陷建宁，直扑延平。